We zijn er nog steeds niet helemaal achter hoe neurologie inwerkt op de hersenen, maar we weten wel dat bij trauma onze hersenen de informatie niet op een normale manier kunnen verwerken. De ervaring wordt als het ware bevroren en vormt eilandjes in de hersenen, waardoor je gedoemd lijkt om de ervaring telkens met dezelfde intensiteit te moeten herbeleven.
EMDR bootst, met behulp van vingerbewegingen, een speciale EMDR-lamp of klikjes in je oren, de REM slaap (Rapid Eye Movement) na. Dit helpt je overnieuw, totaal bewust en zonder bevriezing dit keer, door de ervaring te gaan. Hierdoor wordt nu de informatie wèl verwerkt en kunnen de verschillende delen van de ervaring als puzzelstukjes op hun plaats vallen. Zij worden, net als normale ervaringen, opgenomen in de chronologie van jouw verleden en veroorzaken geen (of veel minder) lichamelijk - of geestelijk pijn meer. De traumatische beleving is een gewone herinnering geworden.